普洱熟茶中的色素主要包括叶绿素、类胡萝卜素和茶黄素，它们在普洱熟茶的初制过程中发生了一系列的变化，形成了普洱熟茶品质和色泽的基础。
叶绿素a
普洱熟茶初制过程中，叶绿素a在理化因子的作用下，通过不同途径降解为脱镁叶绿素a、脱镁叶绿素a和脱镁叶绿素a。
在杀青过程中，叶绿素酶的催化作用因前期叶温尚未达到破坏酶活性的水平而加强，中后期主要作用是热量，导致叶绿素a大量分解，从鲜叶26.87mg/100g下降到杀青叶12.09mg/100g，下降55%。
滚动阶段继续下降到10.73 mg/100 g。
在堆积发酵过程中，由于湿热作用、微生物的酶促作用以及酸、醇、酮、醛等物质的反应，变化更加剧烈。堆积发酵20小时后，含量从10.73毫克/100克扭曲叶降至0.47毫克/100克，直至堆积发酵结束，下降率为95.62%，仅留下微量。干燥后，叶绿素a已经完全丧失。
在初始阶段，叶绿素A的降解产物由于退磁和降解而积累，表现为三种A型降解产物的明显增加.鲜叶中脱镁叶绿素a的含量很少，只有0.25毫克/100克，但随着高温失活过程中的大量降解，脱镁叶绿素a的含量飙升至13.76毫克/100克，比鲜叶高50多倍。随着微生物的代谢活性、水热作用和堆发酵环境的酸化，脱镁叶绿素a的积累在堆发酵后24小时左右达到最高值298 mg/100，随后随着叶绿素a的降解，其含量呈稳定下降趋势，并在干燥过程中再次下降。
干燥后，鲜叶中叶绿素A含量为18.78mg/100g，为5.24 mg/100 g，一旦脱酶，叶绿素A含量急剧下降，在堆发酵中继续下降，直至堆发酵24小时后消失。与叶绿素A相反，脱镁叶绿酸A在鲜叶中不存在，处于堆积发酵的早期阶段